游戏中的主角是米斯蒂娅·萝蕾拉，她是《东方永夜抄》中的一位敌方Boss。在官方设定集《东方求闻史纪》中，记载说米斯蒂娅经营着一家挂着红灯笼的车摊，而《妖怪夜雀食堂》的故事就从这里开始。
在游戏中，玩家需要扮演米斯蒂娅，一位勤勤恳恳经营着自己小车摊的夜雀妖怪。白天，玩家需要收集各类素材，或与当地的妖怪们聊天以了解他们的喜好；而到了晚上，则是支起小摊，规划好每日的菜单，为顾客提供不同的美食。
除了一般的普通客人外，游戏中还出现了不少“东方”系列中耳熟能详的角色。这些角色都有着自己的喜好，不会像普通客人一样直接点单，而是需要玩家揣测他们的心意，根据他们的喜好提供不同的菜肴与饮品。这些特别的客人满意后，会释放符卡技能，为经营提供不同的特殊加成。
该游戏的魅力不仅在于经营的乐趣，更在于与妖怪们的交流和故事。每个妖怪都有着自己的背景和故事，玩家通过与他们的互动，可以逐渐解开这些神秘生物的种种秘密。
