游戏的战斗系统采用了行动条和战棋的结合，考验玩家的策略性和操作技巧。新版的改动使得游戏更加易于上手，但挑战性依然存在，玩家必须善用队形和技能以取得胜利。新版还自动显示了敌人的血条和弱点，提高了游戏的可玩性。
不同章节中，探索与战斗的结合各具特色，如「功夫篇」的流畅玩法、「原始篇」的无人对白叙事，以及「西部篇」的紧张限时任务，为玩家带来了丰富多样的游戏体验。
「幕末篇」设计尤为精妙。玩家扮演的忍者「胧丸」在城楼中面临种种挑战，如迷宫般的布局、变幻莫测的机关和随钟声而变的口令，使得游戏充满了惊喜和挑战，让玩家流连忘返。
